Sequenciamento de DNA

O sequenciamento de DNA é um processo que determina a ordem dos nucleotídeos em uma amostra.

A Genomic recebe:

• Produtos de PCR purificados e diluídos em água (na concentração mínima de 20 ng em até 5 ul de H2O). Para cada amostra enviada, a concentração deve estar devidamente especificada e o cliente deve fornecer o(s) primer(s) de sequenciamento (na concentração de 3.2 pmol em até 2 μl de H2O) para cada reação a ser realizada.
• Plasmídeo purificado e diluído em água (na concentração mínima de 400ng em até 5ul de H2O). Para cada amostra enviada, a concentração deve estar devidamente especificada. O cliente deve fornece o(s) primer(s) de sequenciamento (na concentração de 3.2 pmol em até 2ul de H2O) para cada reação a ser realizada. A Genomic pode fornecer alguns primers universais para sequenciar DNA plasmidial.

As amostras podem ser enviadas em tubos Eppendorf (até 16 amostras) via Sedex à temperatura ambiente. A partir de 17 amostras, receberemos apenas em placas para PCR de 96 poços.

Exceções: 

• O cliente pode optar pelo serviço de purificação e quantificação do DNA plasmidial, pagando uma taxa adicional.
        
• Caso a reação de sequenciamento do cliente não funcione, enquanto que a do controle apresente um resultado satisfatório, esta reação será cobrada.

Todas as amostras para a reação de sequenciamento serão aceitas somente mediante a apresentação das mesmas em foto de gel após eletroforese. Esta foto deve incluir um marcador de peso molecular. Deve ser informado a quantidade das amostras aplicadas no gel (uL de amplicon/plasmídeo por poço).

Exemplos de Eletroforese de Amplicons aceitáveis:

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Exemplos de Eletroforese de Amplicons inaceitáveis:

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Lembramos aos clientes que a solicitação somente será aberta em nosso sistema quando a tabela e as amostras forem recebidas com a foto do gel. Após a confirmação de todos os dados, será contado o prazo para a entrega dos resultados. 

Para o envio de amostras para o serviço de sequenciamento, o cliente deve enviar uma planilha de excel (clique aqui para baixar) contendo as seguintes informações:

As reações de sequenciamento são realizadas usando o BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit da fabricante Thermo Fisher Scientific ou o BrightDye® Terminator Cycle Sequencing Kit da fabricante MCLAB (Molecular Cloning Laboratories). Os produtos de sequenciamento são submetidos à eletroforese em um sequenciador modelo 3130xl ou 3500 da Applied Biosystems. São processados lotes que incluem um controle de DNA plasmidial (pGEM, fornecido pela Genomic). Normalmente, nossas reações de sequenciamento alcançam 650 bases, com uma fidelidade de análise de 99%.

Os resultados são enviados por email. O cliente recebe um cromatograma (arquivo *.abi) sem edição e um arquivo texto da sequência editada para cada reação de sequenciamento. Consulte o prazo de entrega (11) 3288-1188.

Para a leitura do arquivo *.ab1 será necessário o uso de softwares apropriados.

Estes softwares podem ser obtidos nas URLs:
http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/BioEdit.html
http://www.technelysium.com.au/chromas.html
http://bat.infspire.org/genomepd/glass/
https://code.google.com/archive/p/seqtrace/
http://nucleobytes.com/4peaks/

Os arquivos dos cromatogramas são guardados permanentemente na Genomic. As amostras enviadas são descartadas 15 dias após o envio dos resultados e o cliente tem o mesmo período para questionar e/ou reclamar.

Custos:
R$ 35,00 por reação. Se uma amostra fornecida precisar de sequenciamento nas suas duas fitas, será necessário realizar duas reações de sequenciamento.

Reações de sequenciamento prontas para injetar devem ser enviadas refrigeradas e têm um custo de R$ 11,00 por reação. O preço de cada purificação e quantificação é de R$ 14,00.

A Genomic introduziu na sua rotina um screening aleatório de quantificação das amostras recebidas, uma vez que tem sido observado um descompasso significativo entre o valor indicado e o valor real da concentração. Caso a amostra não tenha a massa suficiente para realização do sequenciamento, será cobrada uma taxa de R$ 6,50 pela quantificação, e a reação de sequenciamento não será realizada. Nesse momento o solicitante será contatado.

Consulte descontos para grandes quantidades.